A、该条由39个氨基酸形成的环状多肽中含有的肽键数=脱水数=氨基酸数=39个,A错误;
B、由氨基酸的结构通式可知,每分子氨基酸至少含有2个氧原子、每分子谷氨酸(R基为一CH2一CH2一COOH)含有4个氧原子,则由39个氨基酸形成的该环状多肽(其中有4个谷氨酸)中至少含有的氧原子数=4个谷氨酸分子中的氧原子数+其它(39-4=35个)氨基酸中至少含有的氧原子数-脱水数=4×4+(39-4)×2-39=47个,B错误;
C、每分子谷氨酸(R基为一CH2一CH2一COOH)的R基中含有1个游离的羧基,则由39个氨基酸形成的该环状多肽(其中有4个谷氨酸)中至少含有的游离羧基数=4个谷氨酸的R基中含有的羧基数=1×4=4个,C错误;
D、由39个氨基酸形成的该环状多肽的相对分子质量=氨基酸数目×氨基酸平均相对分子质量一脱去水分子数×18=39×110-39×18=3588,D正确.
故选:D.