因为哥伦布带过去的西班牙人和当地土著发生了矛盾冲突,西班牙殖民者不时的去偷窃土著的财产、抓人做苦役等等,殖民地的管理比较混乱.哥伦布身心俱疲,没有精力在航海探险的同时去管理殖民地,所以他向宫廷请求指定一位皇家专员协助他治理伊斯帕尼奥拉岛.结果宫廷指定的专员被授予全权,专员一来到圣多明各,就听取了当地人对哥伦布等人的抱怨.有了这些证据,哥伦布就在不允许辩护的情况下被戴上手铐和脚镣,投入监狱,等候返回西班牙.1500年10月1日,哥伦布和他的兄弟们被押回西班牙加的斯.他们在监狱里度过了六个星期之后,繁忙的国王费尔南多才将他们放出来.不久以后,国王和王后在格拉纳达的阿尔汉布拉宫召见了他们,恢复了他们的自由、名誉和财富.并且在哥伦布的劝说下,同意了他的第四次航海计划,不过哥伦布再也当不成西印度群岛领地的总督了.